1950年，退守台湾的国民党侦破了赫赫有名的“吴石案”，不仅逮捕了国军中官阶最高的大陆间谍，还系统地摧毁了中共台湾省机关组织，将情报颓势做了扭转，同时震慑了解放军攻台的战术决心。
关于这段历史，学界一般均以“马场町的白色恐怖”视之，据说当时“只要行动可疑，经人检举，一概列入危险分子，格杀勿论”，乃至“宁可错杀三千，绝不留情一个”，然而事实究竟如何，却很少有人详辨真伪，往往囿于成见、人云亦云。
但资料之间抵牾很多，比如吴石案经办人谷正文就对上述另一经办人的文章诸多不满，认为“中共地下党员吴仲禧自述应属可信外，关于承办此案李资生所述各节与事实颇有出入”。他甚至觉得记录者对自己的口述实录也“多有遗漏、偏差”，这也导致了目前媒体上的相关介绍舛误颇多，莫衷一是。虽然如此，此案基本脉络还是有据可查、基本清晰的。
事情要从1949年7月中旬说起。此时台北、基隆的大中学生之间流传的一份《光明报》引起了台湾省政府的注意，该“极尽嘲弄国民党之能事的公开刊物”的广泛传播“证明了GCD在台的秘密活动极为活跃”，因此省主席陈诚决定彻查。不多久便拘捕了涉案的4名台大学生，虽然因校长傅斯年作保而被释放，但国防部保密局第二处还是敏锐地令他们再次到案聆讯。在办案人员的循循善诱下，这些大学生提供了《光明报》的来源：基隆中学校长钟浩东，他的党内职务是中共基隆市工委书记。随后台湾当局逮捕了涉案人员44名，其中仅有钟浩东、罗卓才、张奕明等7人被依“蒐集军政情报，开展兵运工作，俾便于×军来犯时阵前策应，协助登陆”之叛乱罪名处以死刑。
而最初涉案的4位台大学生并未入狱，只是被“交付感训”，未受株连。台湾大学一向是中共发展地下骨干的中心据点，后来证明，中共台北市工委书记便是台大医学院助教（兼附属医院医师）郭琇琮，而李登辉也是中共党员，他于1946年9月由吴克泰介绍入党。李是吴在台湾发展的第二个地下党员，而第一个就是前文所述的钟浩东。李登辉在党内虽不积极，但也颇有贡献，其所发展的叶城松后来还成为了台大法学院支部书记。但是1947年中共在228事件的作为很大刺伤了李登辉，他8月因为“党内不纯，有些人有野心”而执意要求退党，组织上批准了这要求。其后随台湾省工委的逐一破获，李的名字也不时出现在台北国安机关的案头，但他只是于1960年在调查局处分失职人员的禁闭所新店休养所被羁押审查4个月，随后开释。众所周知，这一“历史污点”并未影响到后来蒋经国对他的信任与栽培，自然也丝毫没有牵涉到他的干禄仕途。
8月15日钟浩东被捕后除了交代了自己的组织身份以外并没有透露更多有价值的情报，但他偶然失言提及的“老郑”引起了当局的注意。与此同时，高雄市的工运领袖被捕后变节投敌，10月31日配合国防部情报机关诱捕了其上司、中共台湾省工委副书记兼高雄市工委书记陈泽民。保密局探员发现陈的笔记本上也有“老郑”的字样，于是节节追问，陈并没有招认老郑究竟是何人，只是提供了一个相关地址：台北市泉州街26号。于是探员于此公寓昼伏夜出蛰居两个月，在1949年12月29日将老郑抓获。这位“老郑”到案后没有交代后来我们众所周知的身份：中共台湾省工委书记蔡孝乾，他和当局虚与委蛇，但其随身笔记本出卖了他，因为情报部门在其中发现“吴次长”的字样。
“老郑”于被捕8天以后也就是1950年1月6日设计逃脱。此时保密局手中除了那个笔记本，还有他提供的一个地址：台北大公园衡阳路中西大药房，于是当局按图索骥，2月7日，在此二楼逮捕了中共台湾省工委武装部长兼组织部长张志忠。张据说“未供一人，未供一事”，被情治机关赞叹为“在台共党员2000余人中，可称唯一硬汉”，但实际情况似乎并非如此。张当时深恨蔡孝乾对他的出卖，于是提供秘密联络点地址。9日，政府据此于台北中山北路、长安西路口逮捕地下交通员黄天，经过严刑拷打，黄27日供出蔡的藏身地：嘉义县奋起湖，3月1日，“老郑”再次被捕。
在蔡孝乾逃脱之前，保密局长毛人凤已经研判出笔记本上的“吴次长”可能就是国防部参谋次长吴石，但由于蔡的远遁而失去了情报线索。就军令调动和战局策划而言，参谋本部的权力远大于国防部，须知国防部不过是行政院下属的军政机关，而参谋本部直属于总统府。吴当时虽然只是中将军衔，却贵为参谋次长，而且重要的是，行政院长陈诚是他的保定军校的同学、参谋总长周至柔是他的好友，假以时日，他高升参谋总长甚至国防部长也并非没有可能。对如此的重要人物，保密局自然颇多忌惮，竟然“无人敢负责追查吴石事，经毛人凤局长报告蒋总裁，亦仅含糊其辞”，周至柔则命“先取证据，再办吴石”。
想不到保密局探员很轻易地完成了这一任务，根据谷正文的回忆，他当时将吴石的太太王碧奎请至家中，伪称自己“前在史政局，多蒙吴先生提拔，今上边令查吴石先生之案，已取得人证，吴先生为军人，如身负此案，必遭死刑，何不失人自称吴先生不知此人，自己负责，妇道人家，交错朋友，并不知其共党身分，当然不会成为重大案子”。经多方诱骗，“由吴妻供出朱谌之，乃于次日晚逮捕吴石，告以全部案情已经明白”。3月1日，吴石到案后“先向总裁像下跪，后即写自白书”，坦白了大量案情，至此吴石案基本告破。
于是当局不仅得知了女联络员朱谌之（朱枫）的情况，并且逮捕了聂曦和黄德美，前者是东南行政长官公署总务处上校交际科长，为吴石处理私人联络事务，后者是国防部三厅上校作战科长，吴石通过朱湛之交给中共的作战情报就是来自于他。其后聂曦因为证据确凿，成为吴石案中被处决的4人之一（其余3人是吴石、朱谌之、联勤总部第四兵站总监陈宝仓中将），而黄德美却被释放。
据说蒋介石为此很不满意，斥责毛人凤“敌我不分，私纵×谍，黄德美还是要抓”，但是经过保密局调查和军法处审问，黄德美全然是根据正常途径合法地向上司汇报，并不是间谍盗取情报，于是当局再次将其无罪开释。因为戴上了“红帽子”，黄上校写信给蒋经国申诉自己被排斥的现状，深得同情，没几年竟然高升至国安局中将副局长。如果真有所谓的“白色恐怖”，他可能就会在本案中被株连处决，也就根本做不了什么中将副局长了。
吴石的组织关系本来直属于中共中央社会部，但是中央与1949年夏季临时变阵，命令华东局直接派员和其联络，受内定台湾省委书记舒同的统一指挥。于是联络员朱谌之违反了情报工作“单线联系”的原则，与地方党工委蔡孝乾和最高情报来源吴石发生双向关系，以致被台北政府轻易破获，朱谌之本人也因为吴石的出卖而于稍后被捕。实际上逃亡中的蔡孝乾已经将危情密报给朱，但她似乎并不慌张，仍然居住在自己女婿段成愈家中，直到得知吴石被捕才乘坐海军交通船前往定海，准备经此逃至大陆。段是警察广播电台台长，知道自己岳母是间谍以后大为惊讶，于是提供了朱在舟山的暂住地，毛人凤命令保密局舟山站站长沈之岳将其迅速逮捕。经调查，此案与段成愈无关，他的前途未受株连。
朱谌之被捕后自杀未遂，然后全面坦白。她于当晚就供出了国民党台湾省党部副主委李友邦的太太严秀峰也是地下党员。严的中学同学是后来担任局长的保密局二处处长叶翔之，于是叶登门询问，半小时后严就招供并于日后被判刑。不过其夫李友邦由于他深得台湾省党部主委蒋经国的信任而并未受到任何牵连，照常于省党部供职，直到1951年11月台湾省党部改组，主委蒋经国转调他职，遗缺由邓文仪接任，情报机关才重新开始调查此案，李于稍后被捕，于1952年4月21日被处决。李友邦被宽宥、黄德美被提升，其实都是蒋经国的主张，从中可见他的确雍容大度，具有很高的道德情操和民主理念。
1950年3月1日，“老郑”于嘉义县奋起湖再次被捕，当晚解往台北受审，这一次他不仅交代了自己就是中共台湾省工委书记蔡孝乾，还供认出工委宣传部长洪幼樵的藏身地，3月4日，洪被政府抓获，至此中共在台“四巨头”已经全部被捕，“省工委案”告一段落。
由于“蒋介石也对化敌为友、藉敌歼敌的做法表示同意”，这4人中，只有张志忠被枪决，因为他是武装基地的领导人，曾经犯下血案，更重要的是，只有张不愿屈服而为国民党所用。其他3人都加入了保密局成为“×情研究室”上校研究员，官阶比当初抓捕他们的大部分探员还高，其中蔡孝乾最后升任少将，只是稍有抑郁症。而最长寿的是洪幼樵，至1990年方才逝世。[1]
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